Hệ thống Liên đoàn bóng đá Nhật Bản rất lớn và bao gồm nhiều cấp độ giải đấu, trong đó cấp độ cao nhất là J1 League. J1 League là giải đấu cao nhất của bóng đá Nhật Bản, bao gồm các câu lạc bộ hàng đầu trên khắp đất nước và là đỉnh cao của bóng đá chuyên nghiệp Nhật Bản. Thứ hai là J2 League, là giải đấu trực thuộc của J1 và mang lại cơ hội thăng hạng. J3 League là cấp độ thứ ba và nhằm mục đích phát triển các cầu thủ trẻ và quảng bá bóng đá địa phương. Ngoài ra, Nhật Bản còn có các giải cấp cơ sở như giải nghiệp dư và giải đại học. Việc thành lập hệ thống giải đấu sẽ giúp thúc đẩy sự phát triển chung của bóng đá Nhật Bản, bồi dưỡng những cầu thủ mới nổi, nâng cao trình độ của đội bóng và thúc đẩy sự phổ biến của bóng đá trong cộng đồng và trường học. Toàn bộ hệ thống giải đấu đã xây dựng nên một hệ thống bóng đá rộng lớn và có thứ bậc, đặt nền móng cho sự thịnh vượng của bóng đá Nhật Bản.